三內丸山遺址是距今約5900～4200年前的繩文時代的聚居地，長期以來一直是久坐不動的生活。

1992年考古發掘，發現坑建築痕跡、大坑建築痕跡、成人墓、兒童墓、堤防、坑建築痕跡、大坑建築痕跡、貯料坑、粘土礦坑、垃圾場、道路痕跡，及現狀整個村莊和當時的自然環境都得到了具體的了解。
此外，還有大量的繩文陶器、石器、泥人、泥石飾品、木器（挖棍、袋形編織、編織布、漆器等）、骨器、玉器、黑曜石等。其他地區等也已被發掘。

許多發現改變了繩文文化的形象，例如葫蘆、牛蒡、豆類等栽培植物的發掘，以及通過DNA分析澄清板栗栽培。
2000年11月被指定為國家特別史蹟。